La differenza è che usando il verbo entrare definisci un'azione - far entrare le scarpe nella borsa ma non definisci il motivo per cui l'azione non ti riesce
le scarpe non c'entrano perchè sono troppo lunghe (anche se la borsa è vuota non entrano lo stesso)
Dicendo che non ci sta più definisci lo stato del contenitore e non l'azione che compi e che potrebbe riuscirti
L'auto è piena e le scarpe non ci stanno (ma potresti farle entrare se fosse vuota)
Spero di essere stato di aiuto